大豆は農産物ですので、品種や産地により豆の色が微妙に異なることがあります。
また、大豆には糖分とタンパク質が含まれており、この2つの成分がメイラード反応（アミノカルボニル反応）という反応を起こします。この反応は、豆を煮る工程、発酵、保存で起こり、黄色から茶色に変化いたします。この反応の強さは納豆1パック毎で微妙に異なるため色の違いにも差が生じます。