作ることはできますが、失敗しやすくなるためお勧めしていません。
低脂肪牛乳（無脂肪ヨーグルト）の多くは脂肪分を減らす等の成分調整をしていますが、成分調整がされる事で牛乳内のたんぱく質などが変わり、うまく発酵しない事があります。そのため失敗することがあります。
牛乳の成分欄に「牛乳」と書いているもの（成分無調整の牛乳）で作っていただくことをお勧めします。